Гранулирующий периодонтит характеризуется образованием грануляционной ткани, которая содержит большое количество капилляров, фибробластов, круглых плазматических клеток и лейкоцитов .В период формирования молодой грануляционной ткани в ней увеличивается количество гликогена, нейтральных и кислых мукополисахаридов. Замещение верхушечного участка периодонта грануляционной тканью сопровождается деструкцией, разрушением околоверхушечных тканей с рассасыванием остеокластами не только компактной пластинки альвеолы, но и цемента, а в отдельных случаях и дентина корня зуба .
Грануляции прорастают в костномозговые пространства челюсти, образуя свищи с гнойным отделяемым, а иногда поддесневую или подкожную гранулему. Грануляционная ткань нередко образуется на стенке свищевого хода и выбухает из него в виде мягкого разрастания.
Вследствие резорбтивного процесса в альвеоле при хроническом гранулирующем периодонтите токсичные продукты воспаления всасываются в кровь в большей степени, чем при других формах хронического воспаления периодонта, и, следовательно, вызывают общую интоксикацию организма. Однако являясь самой активной формой, гранулирующий периодонтит наиболее обратим и дает более высокий процент благоприятных исходов при неоперативных методах лечения и нередко переходит в благоприятную форму — хронический фиброзный периодонтит.